ปัจจุบันผู้ประกอบการบางรายยังไม่ทราบว่า หากทำธุรกิจอีคอมเมิร์ซต้องเสียภาษีเช่นเดียวกับธุรกิจอื่นๆหรือไม่ เพราะธุรกิจอีคอมเมิร์ซถือเป็นธุรกิจใหม่ในสังคมไทย เป็นการซื้อขายผ่านคอมพิวเตอร์ และเซิร์ฟเวอร์สามารถติดตั้งอยู่ในประเทศไทยหรือต่างประเทศก็ได้

      วิรัตน์ ศิริขจรกิจ Partner ด้านภาษี บริษัท สำนักงานภาษี เคพีเอ็มจี ภูมิไชย จำกัด (KPMG) กล่าวว่าตอนนี้ประเทศไทยยังไม่มีกฎหมายเฉพาะเกี่ยวกับภาษีอีคอมเมิร์ซ ดังนั้นผู้ประกอบธุรกิจอีคอมเมิร์ซยังคงต้องเสียภาษีภายใต้ประมวลกฎหมายรัษฎากรเหมือนธุรกิจอื่นๆ ไม่ว่าจะเป็นภาษีเงินได้บุคคลธรรมดา ภาษีเงินได้นิติบุคคลและภาษีมูลค่าเพิ่ม ซึ่งมีผลบังคับใช้กับทุกธุรกิจรวมถึงธุรกิจอีคอมเมิร์ซด้วย ดังนั้นเมื่อมีลูกค้าสั่งซื้อเข้ามาร้านค้าต้องเสียภาษีเงินได้นิติบุคคล และเมื่อสินค้าส่งออกไปให้กับลูกค้า ลูกค้าที่สั่งซื้อก็ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มด้วย

     วิรัตน์ให้ความคิดเห็นว่า จากประเด็นข้อสงสัยต่างๆเกี่ยวกับเรื่องการจัดเก็บภาษีของผู้ประกอบการอีคอมเมิร์ซในช่วงหลายปีที่ผ่านมา ทางกรมสรรพากรได้นำมาพิจารณาประกอบคำวินิจฉัยในเรื่องการออกมาตราการการจัดเก็บภาษีอีคอมเมิร์ซภายใต้ประมวลรัษฎากร

    ในแง่ของการจัดเก็บ ส่วนภาษีเงินได้จะไม่เป็นปัญหาเท่าไรนัก แต่ในส่วนของภาษีมูลค่าเพิ่มจะมีรายละเอียดที่ต้องพิจารณา เพราะการเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจะเกิดขึ้นเมื่อมีการจ่ายเงินซื้อสินค้า หากเป็นกรณีขายผ่านออนไลน์ จะเกิดข้อสงสัยว่าการเก็บภาษีเกิดขึ้นเมื่อใดต้องมีการหักภาษี ณ ที่จ่าย หรือต้องนำส่งภาษีมูลค่าเพิ่มให้กรมสรรพากรหรือไม่

     ประเด็นเหล่านี้ทำให้เห็นแง่มุมที่มีต้องพิจารณาผู้ประกอบการจำเป็นต้องรู้และเข้าใจถึงประมวลกฎหมายรัษฎากรเกี่ยวกับการเรียกจัดเก็บภาษีด้วยเพราะเมื่อมีการชำระเงินเกิดขึ้นจะต้องมีเรื่องของภาษีตามมาเสมอ ดังนั้นต้องรู้ว่าจะบริหารจัดการเรื่องภาษีกับธุรกิจของตนให้ถูกต้องอย่างไร

     สำหรับสินค้าออนไลน์ที่จับต้องได้นั้นกรณีส่งของให้ลูกค้าในประเทศจะเป็นการเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม 7% ตามปกติเพราะการซื้อขายสินค้าแต่ละครั้งจะมีการออกใบกำกับภาษี แต่ถ้าทำการจัดส่งสินค้าไปให้ลูกค้าที่ต่างประเทศผ่านทางไปรษณีย์จะได้สิทธิในการไม่จัดเก็บภาษีมูลค่าเพิ่ม

     แต่ถ้าผู้ประกอบการไม่มีหลักฐานในการส่งสินค้าโดยเจ้าหน้าที่ศุลกากร จะไม่ได้สิทธิในการไม่จัดเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มและต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม 7% แทน ดังนั้นหากผู้ประกอบการปฏิบัติตามขั้นตอนของการจัดส่งสินค้าไปต่างประเทศโดยผ่านพิธีการศุลกากรอย่างถูกวิธี สามารถลดต้นทุนจาการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มได้

     วิรัตน์ให้ความคิดเห็นเกี่ยวกับประเด็นเรื่องของภาษีอีคอมเมิร์ซในไทยว่าผู้ประกอบการคงต้องรอท่าทีจากกรมสรรพากรก่อน ว่าจะกำหนดกรอบการจัดเก็บภาษีอีคอมเมิร์ซออกมาเป็นอย่างไร เท่าที่ทราบตอนนี้ เรื่องของภาษีอีคอมเมิร์ซยังถือว่ายังไม่มีการกำหนดใช้แพร่หลายเท่าใดนัก เนื่องจากบางประเทศยังคงเป็นปัยหาเหมือนกันไม่สามารถวางกรอบที่เหมาะสมในการเรียกเก็บได้

    สำหรับตอนนี้ผู้ประกอบการอีคอมเมิร์ซไทยต้องเตรียมความพร้อม ไม่ว่าจะเป็นเอกสารและการปฏิบัติตามขั้นตอนการเสียภาษีให้ครบถ้วน คาดว่าต่อไปการเข้าสู่ระบบการจัดเก็บภาษีคอมเมิร์ซเรื่องของภาษีที่มีการจัดเก็บในปัจจุบันจะส่งผลต่อขั้นตอนการจัดเก็บภาษีอีคอมเมิร์ซแน่นอน เนื่องจากภาษีทุกประเภทต้องอยู่ภายใต้ประมวลรัษฎากร

     วิรัตน์กล่าวต่อว่า กระบวนการจัดเก็บภาษีทุกขั้นตอนได้ถูกวางไว้อย่างชัดเจนอยู่แล้ว หากมีการปฏิบัติตามกฎที่วางไว้บริษัทหรือห้างร้านที่จดทะเบียนธุรกิจต้องมีการยื่นภาษีและออกใบกำกับภาษีให้ลูกค้า เพราะจะต้องนำเอกสารไปยื่นให้กับกรมสรรพากรทุกปีหรือแม้แต่การส่งของไปต่างประเทศต้องผ่านด่านศุลกากร

     ปกติถ้ากรมสรรพากรตรวจสอบแล้วพบว่า บุคคลนี้มีรายได้ รู้ว่าเป็นใครและไม่ได้เสียภาษี โดยทั่วไปกรมสรรพากรจะติดตามบุคคลนั้นได้อยู่แล้ว ไม่ว่าจะหน้าร้านปกติหรือบนเว็บไซต์ การตรวจสอบการทำธุรกิจผ่านเว็บไซต์และมีชื่อผู้ประกอบการแจ้งที่หน้าเว็บไซต์ ตรงนี้เป็นอีกช่องทางหนึ่งที่กรมสรรพากรสามารถเข้ามาตรวจสอบได้

     ดังนั้นในส่วนของกรมสรรพากรที่ต้องให้ความสำคัญอย่างมาก คือ การพยายามตอบข้อสงสัยและชี้แจงในเรื่องของการเสียภาษีสำหรับผู้ประกอบการอีคอมเมิร์ซให้ชัดเจนและง่ายมากที่สุด เพราะเป็นธุรกิจใหม่ที่บางคนอาจยังไม่เข้าใจและรู้สึกถึงความยุ่งยาก ให้ทำการเสียภาษีในแบบที่ถูกต้องได้ หากผู้ประกอบการอีคอมเมิร์ซมีข้อสงสัยเกี่ยวกับเรื่องการเสียภาษีสามารถเข้าไปในเว็บไซต์ของกรมสรรพากรเพื่อดูข้อมูลเพิ่มเติมได้

     สำหรับกรณีภาษีอีคอมเมิร์ซที่กำลังเกิดขึ้นในประเทศไทยนี้ อุปสรรคที่จะส่งผลต่อผู้ประกอบการอีคอมเมิร์ซจะเป็นเรื่องของภาษีมูลค่าเพิ่มมากกว่าด้านอื่น ดังนั้น หากกรมสรรพากรสามารถกำหนดแนวทางการจัดเก็บภาษีอีคอมเมิร์ซได้ชัดเจนมากเท่าไร จะทำให้ผู้ประกอบการสามารถบริหารจัดการเรื่องของภาษีได้อย่างถูกต้องและสามารถคำนวณต้นทุนราคาของสินค้าที่จะทำการขายได้ว่าเท่าไร วิรัตน์กล่าวทิ้งท้าย

ภาษีเงินได้บุคลลธรรมดา
 ภาษีที่ต้องจัดเก็บจากบุคคลทั่วไป หรือจากหน่วยภาษีที่มีบักษณะพิเศษ ตามที่กฎหมายกำหนดและมีรายได้เกิดขึ้นตามเกณฑ์ที่กำหนด โดยปกติจัดเก็บเป็นรายปี รายได้ที่เกิดขึ้นในปีใดๆ ผู้มีรายได้มีหน้าที่ ต้องนำแสดงรายการตนเองตามแบบแสดงรายการภาษีที่กำหนด ภานในเดือนมกราคมถึงมีนาคม ของปีถัดไป สำหรับผู้มีเงินได้บางกรณี กฎหมายยังกำหนดให้ยื่นแบบฯ เสียภาษีตอนครึ่งปี สำหรับรายได้ที่เกิดขึ้นจริงในช่วงครึ่งปีแรก เพื่อเป็นการบรรเทาภาระภาษีที่ต้องชำระ และเงินได้บางกรณีกฎหมายกำหนดให้ผู้จ่ายทำหน้าที่หักภาษี ณ ที่จ่ายจากเงินได้ที่จ่ายบางส่วน เพื่อให้มีการทยอยชำระภาษีขณะที่มีเงินได้เกิดขึ้นอีกด้วย

ภาษีเงินได้นิติบุคคล
 ภาษีอากรประเภทหนึ่งที่บัญญัติไว้ในประมวลรัษฎากร จัดเก็บจากเงินได้ของบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลมีหลักการจัดเก็บที่สำคัญๆ

ภาษีมูลค่าเพิ่ม
 ผู้ประกอบการที่ขายสินค้าหรือให้บริการในทางธุรกิจ หรือวิชาชีพเป็นปกติธุระ ไม่ว่าจะประกอบกิจการในรูปของบุคคลธรรมดา คณะบุคคล หรือห้างหุ้นส่วนสามัญที่มิใช่นิติบุคคล หรือนิติบุคคลใดๆ หากมีรายรับจากการขายสินค้าหรือให้บริการเกินกว่า 1.8  ล้านบาทต่อปี มีหน้าที่ต้องยื่นคำขอจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มเพื่อเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียน โดยคำนวณภาษีที่ต้องเสียจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อ

ใบกำกับภาษี
 เอกสารหลักฐานสำคัญ ซึ่งผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มจะต้องจัดทำและออกให้กับผู้ซื้อสินค้าหรือผู้รับบริการทุกครั้งที่มีการขายสินค้าหรือให้บริการ เพื่อแสดงมูลค่าของสินค้าหรือบริการและจำนวนภาษีมูลค่าเพิ่ม ที่ผู้ประกอบการจดทะเบียนเรียกเก็บหรือพึงเรียกเก็บจากผู้ซื้อสินค้าหรือรับบริการในแต่ละครั้ง
• กรณีการขายสินค้า ผู้ประกอบการจดทะเบียนมีหน้าที่ต้องออกใบกำกับภาษีพร้อมทั้งส่งมอบให้แก่ผู้ซื้อในทันทีที่มีการส่งมอบสินค้าให้กับผู้ซื้อ
• กรณีการให้บริการ ผู้ประกอบการจดทะเบียนมีหน้าที่ต้องออกใบกำกับภาษีพร้อมทั้งส่งมอบให้แก่ผู้รับบริการในทันทีที่ได้รับชำระราคาค่าบริการ